Major\Podpułkownik John Sheppard

Grany przez: Joe Flanigan

Major Sił Powietrznych USA, utalentowany pilot, który teraz dowodzi sztandarową drużyną rekonesansową ziemskiej bazy na Atlantis. Do misji przyłączył się przypadkowo po tym jak brawurowo manewrował helikopterem z generałem O'Neill na pokładzie unikając ataku przypadkowo wystrzelonej broni Pradawnych. Stacjonował w bazie McMurdoch na Antarktydzie z tego powodu że jedynie tam pozwolono mu służyć. Pewnego razu złamał bezpośredni rozkaz i samodzielnie wziął helikopter ratując dwóch żołnierzy uwięzionych za linią wroga w jednej z akcji w Afganistanie. Generał O'Neill osobiście jednak namówił go do wzięcia udziału w podróży na Atlantis szczególnie po tym jak się okazała że niemal wrodzoną umiejętność intuicyjnego sterowania technologią Pradawnych. W pierwszych dniach działalności w galaktyce Pegaza po śmierci pułkownika Marshall'a Sumner'a którego zabił osobiście gdy groziła mu nieunikniona śmierć z rąk Strażniczki Wraith został najwyższym oficerem stacjonującym w bazie.

Ma około 35-40 lat i z pozoru ma podejście grzecznego chłopca. Ma dobre poczucie humoru i potrafi wykonywać skomplikowane rachunki matematyczne. Jednak gdy przyjdzie do walki w których gra toczy się o przetrwanie i życie przyjaciół potrafi być bezwzględny dla swoich wrogów. Dla Shepparda nie liczą się reguły, a wartości. Gdy jego zostali pojmani robił wszystko by zorganizować akcję ratunkową. Długo musiał przekonywać doktor Weir do tego co chce zrobić. Nie zważał na konsekwencję tych działań, ale na to co jako ludzie powinni oni zrobić. Ostatecznie to on poprowadził akcję która uratowała porwanych na Athos ich i Teyli ludzi. Można też powiedzieć że John jest odpowiedzialny za obudzenie wszystkich Wraith w galaktyce po tym jak zabił Strażniczkę.

Sheppard uwielbia football i wszystko co wyciąga więcej niż 200 mil na godzinę. Jest bardzo uprzejmy wobec swoich członków drużyny, jednak nie waha się nigdy wyrazić tego co sam sądzi i co uważa za właściwe.