Tydzień po bitwie z Replikatorami skanery dalekiego zasięgu na Atlantis, odkrywają sygnał urządzenia naprowadzającego, którego używał Wraith, pomagający McKey przy modyfikacji oprogramowania Nanitów. Kiedy udają się w miejsce sygnału znajdują opuszczony statek-rój. Po przeszukaniu dziennika podróży McKey natrafia na ślad ściśle tajnej placówki Wraith.