Pułkownik Sheppard wraca na Atlantydę. Kiedy jednak wychodzi z gwiezdnych wrót nikogo w mieście nie spotyka. Odkrywa nawet, że na całej planecie nie ma wody, a Atlantyda w połowie przysypana jest piaskiem. Od holograficznego McKay'a dowiaduje się zę z powodu awarii przeniusł się o 48000 lat w przyszłość.