Drużyna Shepparda powraca z misji na Atlantis. Niespodziewanie Skoczek doznaje serii dziwnych awarii. Kiedy wrócili na Atlantis, takie same awarie zaczynają nękać miasto. Okazuje się, że do komputerów miasta, z podprzestrzeni, dostała się świadomość Elizabeth Weir.